试管婴儿是创伤性治疗，有一定的危险性。取卵过程中可能会发生腹腔内出血，保守治疗无效，需要开腹止血。取卵术还可能造成一些附带损伤，如膀胱、肠道、输尿管和血管损伤。多次取卵的患者可能会出现卵巢过度刺激，妊娠后卵巢过度刺激的症状可能会加重，出现腹胀腹痛、卵巢增大、平卧时呼吸困难、血液浓缩、电解质紊乱、少尿等症状，严重的还会出现血栓形成，被迫终止妊娠。试管婴儿会增加多胎妊娠的几率，严重危害母婴安全，需要减胎。第二代 试管婴儿由于不是自然受精，没有经过自然优生，可能会将致病基因传给后代。